umu.sePublikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
High-spatial-resolution transcriptome profiling reveals uncharacterized regulatory complexity underlying cambial growth and wood formation in Populus tremula
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik.
Vise andre og tillknytning
2016 (engelsk)Manuskript (preprint) (Annet vitenskapelig)
Abstract [en]

Trees represent the largest terrestrial carbon sink and a renewable source of ligno-cellulose. There is significant scope for yield and quality improvement in these largely undomesticated species, however, efforts to engineer new, elite varieties are constrained by the lack of a comprehensive understanding of the transcriptional network underlying cambial growth and wood formation. We generated RNA Sequencing transcriptome data for four mature, wild-growing aspens (Populus tremula) from high-spatial-resolution tangential cryosection series spanning the secondary phloem, vascular cambium, expanding and secondary cell wall forming xylem cells, cell death zone and the previous years annual ring. The transcriptome comprised 28,294 expressed, previously annotated protein-coding genes, 78 novel protein-coding genes and 567 long intergenic non-coding RNAs. Most paralogs originating from the Salicaceae whole genome duplication had diverged expression, with the notable exception of those with high expression during secondary cell wall deposition. We performed co-expression network analysis to identify central transcriptional modules and associated several of these with known biological processes. This revealed previously uncharacterized complexity underlying the regulation of cambial growth and wood formation, with modules forming a continuum of activated processes across the tissues. The high spatial resolution suggested novel roles for known genes involved in xylan and cellulose biosynthesis, regulators of xylem vessel and fiber differentiation and components of lignification. The associated web resource (AspWood, http://aspwood.popgenie.org) integrates the data within a set of interactive tools for exploring the co-expression network of cambial growth and wood formation.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2016.
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-133999DOI: 10.1101/094060OAI: oai:DiVA.org:umu-133999DiVA, id: diva2:1091119
Tilgjengelig fra: 2017-04-26 Laget: 2017-04-26 Sist oppdatert: 2018-06-09
Inngår i avhandling
1. Novel resources enabling comparative regulomics in forest tree species
Åpne denne publikasjonen i ny fane eller vindu >>Novel resources enabling comparative regulomics in forest tree species
2017 (engelsk)Doktoravhandling, med artikler (Annet vitenskapelig)
Alternativ tittel[sv]
Nya verktyg för komparativ regulomik i skogsträd
Abstract [en]

Lignocellulosic plants are the most abundant source of terrestrial biomass and are one of the potential sources of renewable energy that can replace the use of fossil fuels. For a country such as Sweden, where the forest industry accounts for 10% of the total export, there would be large economical benefits associated with increased biomass yield. The availability of research on wood development conducted in conifer tree species, which represent the majority of the forestry in Sweden, is limited and the majority of research has been conducted in model angiosperm species such as Arabidopsis thaliana. However, the large evolutionary distance between angiosperms and gymnosperms limits the possibility to identify orthologous genes and regulatory pathways by comparing sequence similarity alone. At such large evolutionary distances, the identification of gene similarity is, in most cases, not sufficient and additional information is required for functional annotation. In this thesis, two high-spatial resolution datasets profiling wood development were processed; one from the angiosperm tree Populus tremula and the other from the conifer species Picea abies. These datasets were each published together with a web resource including tools for the exploration of gene expression, co-expression and functional enrichment of gene sets. One developed resource allows interactive, comparative co-expression analysis between species to identify conserved and diverged co-expression modules. These tools make it possible to identifying conserved regulatory modules that can focus downstream research and provide biologists with a resource to identify regulatory genes for targeted trait improvement.

Abstract [sv]

Lignocellulosa är den vanligast förekommande källan till markburen biomassa och är en av de förnybara energikällor som potentiellt kan ersätta användningen av fossila bränslen. För ett land som Sverige, där skogsindustrin som står för 10 \% av den totala exporten, skulle därför en ökad produktion av biomassa kunna ge stora ekonomiska fördelar. Forskningen på barrträd, som utgör majoriteten av svensk skog är begränsad och den huvudsakliga forskningen som har bedrivits på växter, har skett i modell organismer tillhörande gruppen gömfröiga växter som till exempel i Arabidopsis thaliana. Det evolutionära avståndet mellan gömfröiga (blommor och träd) och nakenfröiga (gran och tall) begränsar dock möjligheten att identifiera regulatoriska system mellan dessa grupper. Vid sådana stora evolutionära avstånd krävs det mer än att bara identifiera en gen i en modellorganism utan ytterligare information krävs som till exempel genuttrycksdata. I denna avhandling har två högupplösta experiment som profilerar vedens utveckling undersökts; ett från gömfröiga träd Populus tremula och det andra från nakenföriga träd (barrträd) Picea abies. Datat som behandlats har publicerats tillsammans med webbsidor med flera olika verktyg för att bland annat visa genuttryck, se korrelationer av genuttryck och test för anrikning av funktionella gener i en grupp. En resurs som utvecklats tillåter interaktiva jämförelser av korrelationer mellan arter för att kunna identifiera moduler (grupper av gener) som bevaras eller skilts åt mellan arter över tid. Identifieringen av sådana bevarade moduler kan hjälpa att fokusera framtida forskning samt ge biologer en möjlighet att identifiera regulatoriska gener för en riktad förbättring av egenskaper hos träd.

sted, utgiver, år, opplag, sider
Umeå: Umeå university, 2017. s. 47
Emneord
Comparative genomics, Web resource, Wood development, RNA-Seq, Forestry, Lignocellulose, Regulomics, High-spatial resolution, Populus tremula, Picea abies, Orthology.
HSV kategori
Forskningsprogram
biologi; molekylär bioteknik (inst f nat vet biokemi)
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-133984 (URN)978-91-7601-707-4 (ISBN)
Disputas
2017-05-18, KB3A9, KBC-Huset, Umeå university, Umeå, 13:00 (engelsk)
Opponent
Veileder
Tilgjengelig fra: 2017-04-27 Laget: 2017-04-24 Sist oppdatert: 2018-06-09bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

Fulltekst mangler i DiVA

Andre lenker

Forlagets fullteksthttp://biorxiv.org/content/early/2016/12/22/094060

Personposter BETA

Sundell, DavidStreet, Nathaniel RMannapperuma, ChanakaTuominen, HannelePesquet, EdouardHvidsten, Torgeir R

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Sundell, DavidStreet, Nathaniel RMannapperuma, ChanakaTuominen, HannelePesquet, EdouardHvidsten, Torgeir R
Av organisasjonen

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetric

doi
urn-nbn
Totalt: 434 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf