umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Database for the ampC alleles in Acinetobacter baumannii
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Umeå Centre for Microbial Research (UCMR).
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Umeå Centre for Microbial Research (UCMR).
2017 (Engelska)Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 12, nr 5, artikel-id e0176695Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Acinetobacter baumannii is a troublesome opportunistic pathogen with a high capacity for clonal dissemination. We announce the establishment of a database for the ampC locus in A. baumannii, in which novel ampC alleles are differentiated based on the occurrence of >= 1 nucleotide change, regardless of whether it is silent or missense. The database is openly accessible at the pubmlst platform for A. baumannii (http://pubmlst.org/abaumannii/). Forty-eight distinctive alleles of the ampC locus have so far been identified and deposited in the database. Isolates from clonal complex 1 (CC1), according to the Pasteur multilocus sequence typing scheme, had a variety of the ampC locus alleles, including alleles 1, 3, 4, 5, 6, 7, 8, 13, 14, 17, and 18. On the other hand, isolates from CC2 had the ampC alleles 2, 3, 19, 20, 21, 22, 23, 24, 26, 27, 28, and 46. Allele 3 was characteristic for sequence types ST3 or ST32. The ampC alleles 10, 16, and 25 were characteristic for CC10, ST16, and CC25, respectively. Our study points out that novel gene databases, in which alleles are numbered based on differences in their nucleotide identities, should replace traditional records that use amino acid substitutions to define new alleles.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
PUBLIC LIBRARY SCIENCE , 2017. Vol. 12, nr 5, artikel-id e0176695
Nationell ämneskategori
Genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-136075DOI: 10.1371/journal.pone.0176695ISI: 000400645000049PubMedID: 28459877OAI: oai:DiVA.org:umu-136075DiVA, id: diva2:1110618
Tillgänglig från: 2017-06-16 Skapad: 2017-06-16 Senast uppdaterad: 2018-06-09Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1004 kB)148 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1004 kBChecksumma SHA-512
c53b140a2f9851ae800c0d35c87b035a6f684f961ff3df9be35da97fcc121b58d31c665bbf0764a995341cef795949c1d67bdfeb0086b374eb3a2f6ecccae6ad
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Karah, NabilUhlin, Bernt Eric

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Karah, NabilUhlin, Bernt Eric
Av organisationen
Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS)Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)Umeå Centre for Microbial Research (UCMR)
I samma tidskrift
PLoS ONE
Genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 148 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 257 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf