umu.sePublikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
BatchMap: A parallel implementation of the OneMap R package for fast computation of F-1 linkage maps in outcrossing species
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
2017 (engelsk)Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 12, nr 12, artikkel-id e0189256Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

With the rapid advancement of high throughput sequencing, large numbers of genetic markers can be readily and cheaply acquired, but most current software packages for genetic map construction cannot handle such dense input. Modern computer architectures and server farms represent untapped resources that can be used to enable higher marker densities to be processed in tractable time. Here we present a pipeline using a modified version of OneMap that parallelizes over bottleneck functions and achieves substantial speedups for producing a high density linkage map (N = 20,000). Using simulated data we show that the outcome is as accurate as the traditional pipeline. We further demonstrate that there is a direct relationship between the number of markers used and the level of deviation between true and estimated order, which in turn impacts the final size of a genetic map.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2017. Vol. 12, nr 12, artikkel-id e0189256
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-144110DOI: 10.1371/journal.pone.0189256ISI: 000418564200037PubMedID: 29261725OAI: oai:DiVA.org:umu-144110DiVA, id: diva2:1176680
Tilgjengelig fra: 2018-01-23 Laget: 2018-01-23 Sist oppdatert: 2018-06-09bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(1412 kB)79 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 1412 kBChecksum SHA-512
a516a92008f91fefb2d5a2b6061e8ff6b947574e01820fc54aaa02af4c64ef45825fc9694982e9af4f8aa4bb4ec0fb6632fb8342a261bff99ffa2a182db8ddf1
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekstPubMed

Personposter BETA

Schiffthaler, BastianBernhardsson, CarolinaStreet, Nathaniel R.

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Schiffthaler, BastianBernhardsson, CarolinaStreet, Nathaniel R.
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
PLoS ONE

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 79 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetric

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 121 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf