umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
BatchMap: A parallel implementation of the OneMap R package for fast computation of F-1 linkage maps in outcrossing species
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
2017 (Engelska)Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 12, nr 12, artikel-id e0189256Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

With the rapid advancement of high throughput sequencing, large numbers of genetic markers can be readily and cheaply acquired, but most current software packages for genetic map construction cannot handle such dense input. Modern computer architectures and server farms represent untapped resources that can be used to enable higher marker densities to be processed in tractable time. Here we present a pipeline using a modified version of OneMap that parallelizes over bottleneck functions and achieves substantial speedups for producing a high density linkage map (N = 20,000). Using simulated data we show that the outcome is as accurate as the traditional pipeline. We further demonstrate that there is a direct relationship between the number of markers used and the level of deviation between true and estimated order, which in turn impacts the final size of a genetic map.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2017. Vol. 12, nr 12, artikel-id e0189256
Nationell ämneskategori
Genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-144110DOI: 10.1371/journal.pone.0189256ISI: 000418564200037PubMedID: 29261725OAI: oai:DiVA.org:umu-144110DiVA, id: diva2:1176680
Tillgänglig från: 2018-01-23 Skapad: 2018-01-23 Senast uppdaterad: 2018-06-09Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1412 kB)79 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1412 kBChecksumma SHA-512
a516a92008f91fefb2d5a2b6061e8ff6b947574e01820fc54aaa02af4c64ef45825fc9694982e9af4f8aa4bb4ec0fb6632fb8342a261bff99ffa2a182db8ddf1
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Schiffthaler, BastianBernhardsson, CarolinaStreet, Nathaniel R.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Schiffthaler, BastianBernhardsson, CarolinaStreet, Nathaniel R.
Av organisationen
Umeå Plant Science Centre (UPSC)Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap
I samma tidskrift
PLoS ONE
Genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 79 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 121 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf