umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Transcriptional landscapes of Axolotl (Ambystoma mexicanum)
Visa övriga samt affilieringar
2018 (Engelska)Ingår i: Developmental Biology, ISSN 0012-1606, E-ISSN 1095-564X, Vol. 433, nr 2, s. 227-239Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The axolotl (Ambystoma mexicanum) is the vertebrate model system with the highest regeneration capacity. Experimental tools established over the past 100 years have been fundamental to start unraveling the cellular and molecular basis of tissue and limb regeneration. In the absence of a reference genome for the Axolotl, transcriptomic analysis become fundamental to understand the genetic basis of regeneration.

Here we present one of the most diverse transcriptomic data sets for Axolotl by profiling coding and non coding RNAs from diverse tissues. We reconstructed a population of 115,906 putative protein coding mRNAs as full ORFs (including isoforms). We also identified 352 conserved miRNAs and 297 novel putative mature miRNAs.

Systematic enrichment analysis of gene expression allowed us to identify tissue-specific protein-coding transcripts. We also found putative novel and conserved microRNAs which potentially target mRNAs which are reported as important disease candidates in heart and liver.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier, 2018. Vol. 433, nr 2, s. 227-239
Nyckelord [en]
coding and non-coding RNAseq, axolotl, regenerative tissues, microRNAs
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi Utvecklingsbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-144842DOI: 10.1016/j.ydbio.2017.08.022ISI: 000423009700014PubMedID: 29291975OAI: oai:DiVA.org:umu-144842DiVA, id: diva2:1185299
Tillgänglig från: 2018-02-23 Skapad: 2018-02-23 Senast uppdaterad: 2018-06-09Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

García-Ortega, Luis F.Bako, Laszlo

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
García-Ortega, Luis F.Bako, Laszlo
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikUmeå Plant Science Centre (UPSC)
I samma tidskrift
Developmental Biology
Bioinformatik och systembiologiUtvecklingsbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 202 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf