umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Transmission dynamics study of tuberculosis isolates with whole genome sequencing in southern Sweden
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten). National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS), SciLifeLab, Computational Life Science Cluster, Umeå University, Umeå, Sweden.
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: Scientific Reports, ISSN 2045-2322, E-ISSN 2045-2322, Vol. 9, artikel-id 4931Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Epidemiological contact tracing complemented with genotyping of clinical Mycobacterium tuberculosis isolates is important for understanding disease transmission. In Sweden, tuberculosis (TB) is mostly reported in migrant and homeless where epidemiologic contact tracing could pose a problem. This study compared epidemiologic linking with genotyping in a low burden country. Mycobacterium tuberculosis isolates (n = 93) collected at Scania University Hospital in Southern Sweden were analysed with the standard genotyping method mycobacterial interspersed repetitive units-variable number tandem repeats (MIRU-VNTR) and the results were compared with whole genome sequencing (WGS). Using a maximum of twelve single nucleotide polymorphisms (SNPs) as the upper threshold of genomic relatedness noted among hosts, we identified 18 clusters with WGS comprising 52 patients with overall pairwise genetic maximum distances ranging from zero to nine SNPs. MIRU-VNTR and WGS clustered the same isolates, although the distribution differed depending on MIRU-VNTR limitations. Both genotyping techniques identified clusters where epidemiologic linking was insufficient, although WGS had higher correlation with epidemiologic data. To summarize, WGS provided better resolution of transmission than MIRU-VNTR in a setting with low TB incidence. WGS predicted epidemiologic links better which could consolidate and correct the epidemiologically linked cases, avoiding thus false clustering.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Nature Publishing Group, 2019. Vol. 9, artikel-id 4931
Nationell ämneskategori
Medicinsk genetik Folkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-157953DOI: 10.1038/s41598-019-39971-zISI: 000461762600048PubMedID: 30894568OAI: oai:DiVA.org:umu-157953DiVA, id: diva2:1305541
Tillgänglig från: 2019-04-17 Skapad: 2019-04-17 Senast uppdaterad: 2019-04-17Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2790 kB)42 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2790 kBChecksumma SHA-512
3148f5701d4df68a8591cd6b92b8e622f42f66d0337ba3aed79c6dcf1e5ba46026dc07a4143bea3603cd9ebcb7eb3534faa8fa58dc7a33fe33a640b76fadb5f7
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Tångrot, Jeanette

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Tångrot, Jeanette
Av organisationen
Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)
I samma tidskrift
Scientific Reports
Medicinsk genetikFolkhälsovetenskap, global hälsa, socialmedicin och epidemiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 42 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 1063 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf