umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
De Novo SNP Discovery in the Scandinavian Brown Bear (Ursus arctos)
Sveriges lantbruksuniversitet.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0001-6031-005X
Sveriges lantbruksuniversitet.
2013 (Engelska)Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 8, nr 11, s. e81012-Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Information about relatedness between individuals in wild populations is advantageous when studying evolutionary, behavioural and ecological processes. Genomic data can be used to determine relatedness between individuals either when no prior knowledge exists or to confirm suspected relatedness. Here we present a set of 96 SNPs suitable for inferring relatedness for brown bears (Ursus arctos) within Scandinavia. We sequenced reduced representation libraries from nine individuals throughout the geographic range. With consensus reads containing putative SNPs, we applied strict filtering criteria with the aim of finding only high-quality, highly-informative SNPs. We tested 150 putative SNPs of which 96% were validated on a panel of 68 individuals. Ninety-six of the validated SNPs with the highest minor allele frequency were selected. The final SNP panel includes four mitochondrial markers, two monomorphic Y-chromosome sex-determination markers, three X-chromosome SNPs and 87 autosomal SNPs. From our validation sample panel, we identified two previously known parent-offspring dyads with reasonable accuracy. This panel of SNPs is a promising tool for inferring relatedness in the brown bear population in Scandinavia.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Public Library of Science , 2013. Vol. 8, nr 11, s. e81012-
Nationell ämneskategori
Zoologi Genetik Evolutionsbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-85304DOI: 10.1371/journal.pone.0081012ISI: 000327308500190OAI: oai:DiVA.org:umu-85304DiVA, id: diva2:693951
Tillgänglig från: 2014-02-05 Skapad: 2014-01-31 Senast uppdaterad: 2018-06-08Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1744 kB)300 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1744 kBChecksumma SHA-512
4681afd7ec562f129a0602e15b824f074ea3b7ea85a4eba581e7258eb0aad41df3df0e3e0fa9dc7bb92765daafb87710b50a5fed735d005cdf562c0bd7553a48
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Street, Nathaniel Robert

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Street, Nathaniel Robert
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikUmeå Plant Science Centre (UPSC)
I samma tidskrift
PLoS ONE
ZoologiGenetikEvolutionsbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 300 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 207 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf