umu.sePublikasjoner
Endre søk
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Serendipitous Meta-Transcriptomics: The Fungal Community of Norway Spruce (Picea abies)
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Uppsala Univ, Dept Med Biochem & Microbiol, Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Uppsala Univ, Dept Med Biochem & Microbiol, Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.
Vise andre og tillknytning
2015 (engelsk)Inngår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 10, nr 9, artikkel-id e0139080Artikkel i tidsskrift (Fagfellevurdert) Published
Abstract [en]

After performing de novo transcript assembly of >1 billion RNA-Sequencing reads obtained from 22 samples of different Norway spruce (Picea abies) tissues that were not surface sterilized, we found that assembled sequences captured a mix of plant, lichen, and fungal transcripts. The latter were likely expressed by endophytic and epiphytic symbionts, indicating that these organisms were present, alive, and metabolically active. Here, we show that these serendipitously sequenced transcripts need not be considered merely as contamination, as is common, but that they provide insight into the plant's phyllosphere. Notably, we could classify these transcripts as originating predominantly from Dothideomycetes and Leotiomycetes species, with functional annotation of gene families indicating active growth and metabolism, with particular regards to glucose intake and processing, as well as gene regulation.

sted, utgiver, år, opplag, sider
2015. Vol. 10, nr 9, artikkel-id e0139080
HSV kategori
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-110568DOI: 10.1371/journal.pone.0139080ISI: 000362170700039PubMedID: 26413905OAI: oai:DiVA.org:umu-110568DiVA, id: diva2:865235
Tilgjengelig fra: 2015-10-27 Laget: 2015-10-23 Sist oppdatert: 2018-06-07bibliografisk kontrollert

Open Access i DiVA

fulltext(1084 kB)252 nedlastinger
Filinformasjon
Fil FULLTEXT01.pdfFilstørrelse 1084 kBChecksum SHA-512
62bc2be2932d913562b1acf3d79706ee5e840f9f8bbcff4f84c6f96d063407d3d35df2538cdfdab19fcc52191be47d07518dfcc2d04ed066490f7c2aea91ce8c
Type fulltextMimetype application/pdf

Andre lenker

Forlagets fulltekstPubMed

Personposter BETA

Delhomme, NicolasSundström, GörelZamani, NedaHvidsten, Torgeir R.Street, Nathaniel R.

Søk i DiVA

Av forfatter/redaktør
Delhomme, NicolasSundström, GörelZamani, NedaHvidsten, Torgeir R.Street, Nathaniel R.
Av organisasjonen
I samme tidsskrift
PLoS ONE

Søk utenfor DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 252 nedlastinger
Antall nedlastinger er summen av alle nedlastinger av alle fulltekster. Det kan for eksempel være tidligere versjoner som er ikke lenger tilgjengelige

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetric

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 326 treff
RefereraExporteraLink to record
Permanent link

Direct link
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annet format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annet språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf