umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Serendipitous Meta-Transcriptomics: The Fungal Community of Norway Spruce (Picea abies)
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Uppsala Univ, Dept Med Biochem & Microbiol, Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Uppsala Univ, Dept Med Biochem & Microbiol, Sci Life Lab, Uppsala, Sweden.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: PLoS ONE, ISSN 1932-6203, E-ISSN 1932-6203, Vol. 10, nr 9, artikel-id e0139080Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

After performing de novo transcript assembly of >1 billion RNA-Sequencing reads obtained from 22 samples of different Norway spruce (Picea abies) tissues that were not surface sterilized, we found that assembled sequences captured a mix of plant, lichen, and fungal transcripts. The latter were likely expressed by endophytic and epiphytic symbionts, indicating that these organisms were present, alive, and metabolically active. Here, we show that these serendipitously sequenced transcripts need not be considered merely as contamination, as is common, but that they provide insight into the plant's phyllosphere. Notably, we could classify these transcripts as originating predominantly from Dothideomycetes and Leotiomycetes species, with functional annotation of gene families indicating active growth and metabolism, with particular regards to glucose intake and processing, as well as gene regulation.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 10, nr 9, artikel-id e0139080
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-110568DOI: 10.1371/journal.pone.0139080ISI: 000362170700039PubMedID: 26413905OAI: oai:DiVA.org:umu-110568DiVA, id: diva2:865235
Tillgänglig från: 2015-10-27 Skapad: 2015-10-23 Senast uppdaterad: 2018-06-07Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1084 kB)252 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1084 kBChecksumma SHA-512
62bc2be2932d913562b1acf3d79706ee5e840f9f8bbcff4f84c6f96d063407d3d35df2538cdfdab19fcc52191be47d07518dfcc2d04ed066490f7c2aea91ce8c
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Delhomme, NicolasSundström, GörelZamani, NedaHvidsten, Torgeir R.Street, Nathaniel R.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Delhomme, NicolasSundström, GörelZamani, NedaHvidsten, Torgeir R.Street, Nathaniel R.
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikUmeå Plant Science Centre (UPSC)
I samma tidskrift
PLoS ONE
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 252 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 326 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf