umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A new approach to quantify and analyse tRNA sequence data
Umeå universitet, Samhällsvetenskapliga fakulteten, Enheten för demografi och åldrandeforskning (CEDAR).ORCID-id: 0000-0001-9188-5518
(Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Abstract [en]

A novel quantitative multivariate approach for describing and analyse tRNA sequence data is presented. This approach is based on a multivariate chemical description of each nucleoside in the sequence. 30 theoretically calculated descriptors were used to characterize 63 nucleosides, and principal component analysis was used to extract the main variation from this multivariate description. The resulting four principal properties were interpreted as (PPa) size/bulk of the nucleoside, (PPb) polarity/hydrophobicity of the nucleoside, (PPc) electronic properties of the nucleoside and (PPd)polarity and size of the ribose moiety. These principal properties may be used to translate the tRNA letter sequence data into a quantitative chemical representation. We demonstrate the use of this quantitative description with a multivariate analysis of a set of tRNA sequences. This analysis gives models that are interpretable in terms of wich sequence positions, and nucleoside properties that discriminate the different isoacceptors. This approach is applicable on all kinds of RNA sequence data and gives information that is complementary to current sequence analysis techniques.

Nationell ämneskategori
Annan kemi Organisk kemi
Forskningsämne
organisk kemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-142697OAI: oai:DiVA.org:umu-142697DiVA, id: diva2:1163785
Tillgänglig från: 2017-12-08 Skapad: 2017-12-08 Senast uppdaterad: 2018-06-09
Ingår i avhandling
1.
Posten kunde inte hittas. Det kan bero på att posten inte längre är tillgänglig eller att du har råkat ange ett felaktigt id i adressfältet.

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Personposter BETA

Sandberg Hiltunen, Maria

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Sandberg Hiltunen, Maria
Av organisationen
Enheten för demografi och åldrandeforskning (CEDAR)
Annan kemiOrganisk kemi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 145 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf