umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Functional and evolutionary genomic inferences in Populus through genome and population sequencing of American and European aspen
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Centre for Integrative Genetics (CIGENE), Department of Animal and Aquacultural Sciences, Faculty of Biosciences, Norwegian University of Life Sciences, Ås, Norway.ORCID-id: 0000-0002-3793-3264
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik.
Visa övriga samt affilieringar
2018 (Engelska)Ingår i: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America, ISSN 0027-8424, E-ISSN 1091-6490, Vol. 115, nr 46, s. E10970-E10978Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The Populus genus is one of the major plant model systems, but genomic resources have thus far primarily been available for poplar species, and primarily Populus trichocarpa (Torr. & Gray), which was the first tree with a whole-genome assembly. To further advance evolutionary and functional genomic analyses in Populus, we produced genome assemblies and population genetics resources of two aspen species, Populus tremula L. and Populus tremuloides Michx. The two aspen species have distributions spanning the Northern Hemisphere, where they are keystone species supporting a wide variety of dependent communities and produce a diverse array of secondary metabolites. Our analyses show that the two aspens share a similar genome structure and a highly conserved gene content with P. trichocarpa but display substantially higher levels of heterozygosity. Based on population resequencing data, we observed widespread positive and negative selection acting on both coding and noncoding regions. Furthermore, patterns of genetic diversity and molecular evolution in aspen are influenced by a number of features, such as expression level, coexpression network connectivity, and regulatory variation. To maximize the community utility of these resources, we have integrated all presented data within the PopGenIE web resource (PopGenIE.org).

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
NATL ACAD SCIENCES , 2018. Vol. 115, nr 46, s. E10970-E10978
Nyckelord [en]
genome assembly, natural selection, coexpression, population genetics, Populus
Nationell ämneskategori
Genetik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-154950DOI: 10.1073/pnas.1801437115ISI: 000449934400020PubMedID: 30373829Scopus ID: 2-s2.0-85056516875OAI: oai:DiVA.org:umu-154950DiVA, id: diva2:1275944
Tillgänglig från: 2019-01-07 Skapad: 2019-01-07 Senast uppdaterad: 2019-01-07Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1405 kB)100 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1405 kBChecksumma SHA-512
dc2368e670123782c48b13ee1cbda0cb6ff895ccb8af27c4983048c66464f800558aee8d3111c90cc9f6e88f4abcec34192e48bb38d3296db43eacd39d2b008b
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Personposter BETA

Wang, JingSchiffthaler, BastianHvidsten, Torgeir R.de la Torre, AmandaScofield, Douglas G.Mannapperuma, ChanakaRobinson, Kathryn M.Mähler, NiklasJansson, StefanIngvarsson, Pär K.Street, Nathaniel R.

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Lin, Yao-ChengWang, JingSchiffthaler, BastianZuccolo, AndreaHvidsten, Torgeir R.de la Torre, AmandaScofield, Douglas G.Mannapperuma, ChanakaRobinson, Kathryn M.Mähler, NiklasJansson, StefanIngvarsson, Pär K.Street, Nathaniel R.
Av organisationen
Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskapUmeå Plant Science Centre (UPSC)Institutionen för fysiologisk botanik
I samma tidskrift
Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
Genetik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 100 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 180 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf