umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Visual representation of DNA sequences for exon detection using non-parametric spectral estimation techniques
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids, ISSN 1525-7770, E-ISSN 1532-2335, Vol. 38, nr 5, s. 321-337Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

This paper presents a new approach for modeling of DNA sequences for the purpose of exon detection. The proposed model adopts the sum-of-sinusoids concept for the representation of DNA sequences. The objective of the modeling process is to represent the DNA sequence with few coefficients. The modeling process can be performed on the DNA signal as a whole or on a segment-by-segment basis. The created models can be used instead of the original sequences in a further spectral estimation process for exon detection. The accuracy of modeling is evaluated evaluated by using the Root Mean Square Error (RMSE) and the R-square metrics. In addition, non-parametric spectral estimation methods are used for estimating the spectral of both original and modeled DNA sequences. The results of exon detection based on original and modeled DNA sequences coincide to a great extent, which ensures the success of the proposed sum-of-sinusoids method for modeling of DNA sequences.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Taylor & Francis Group, 2019. Vol. 38, nr 5, s. 321-337
Nyckelord [en]
DNA, signal modeling, non-parametric spectral estimation
Nationell ämneskategori
Sannolikhetsteori och statistik Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-159610DOI: 10.1080/15257770.2018.1536270ISI: 000467734200001PubMedID: 30861361OAI: oai:DiVA.org:umu-159610DiVA, id: diva2:1325731
Tillgänglig från: 2019-06-17 Skapad: 2019-06-17 Senast uppdaterad: 2019-06-17Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Personposter BETA

Hassan, Emadeldeen

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Dessouky, Mohamed M.Hassan, Emadeldeen
Av organisationen
Institutionen för datavetenskap
I samma tidskrift
Nucleosides, Nucleotides & Nucleic Acids
Sannolikhetsteori och statistikBiokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 99 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf