umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
The populus genome integrative explorer (PopGenIE): a new resource for exploring the populus genome
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC). Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. (CBRN Defence and Security, FOI—Swedish Defence Research Agency, Cementvägen 20, 901 82 Umeå, Sweden)
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0001-6031-005X
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0002-2147-7428
Visa övriga samt affilieringar
2009 (Engelska)Ingår i: New Phytologist, ISSN 0028-646X, E-ISSN 1469-8137, Vol. 182, nr 4, s. 1013-1025Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

* Populus has become an important model plant system. However, utilization of the increasingly extensive collection of genetics and genomics data created by the community is currently hindered by the lack of a central resource, such as a model organism database (MOD). Such MODs offer a single entry point to the collection of resources available within a model system, typically including tools for exploring and querying those resources. * As a starting point to overcoming the lack of such an MOD for Populus, we present the Populus Genome Integrative Explorer (PopGenIE), an integrated set of tools for exploring the Populus genome and transcriptome. The resource includes genome, synteny and quantitative trait locus (QTL) browsers for exploring genetic data. * Expression tools include an electronic fluorescent pictograph (eFP) browser, expression profile plots, co-regulation within collated transcriptomics data sets, and identification of over-represented functional categories and genomic hotspot locations. A number of collated transcriptomics data sets are made available in the eFP browser to facilitate functional exploration of gene function. Additional homology and data extraction tools are provided. * PopGenIE significantly increases accessibility to Populus genomics resources and allows exploration of transcriptomics data without the need to learn or understand complex statistical analysis methods. PopGenIE is available at http://www.popgenie.org or via http://www.populusgenome.info.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2009. Vol. 182, nr 4, s. 1013-1025
Nationell ämneskategori
Biologiska vetenskaper
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-25706DOI: 10.1111/j.1469-8137.2009.02807.xPubMedID: 19383103OAI: oai:DiVA.org:umu-25706DiVA, id: diva2:233315
Tillgänglig från: 2009-08-31 Skapad: 2009-08-31 Senast uppdaterad: 2018-03-15Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Street, Nathaniel RSandberg, GöranGustafsson, PetterJansson, Stefan
Av organisationen
Umeå Plant Science Centre (UPSC)Institutionen för fysiologisk botanik
I samma tidskrift
New Phytologist
Biologiska vetenskaper

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 159 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf