umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Limited resolution of 16S rDNA DGGE caused by melting properties and closely related DNA sequences
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet). (Johan Wikner)
2003 (Engelska)Ingår i: Journal of Microbiological Methods, ISSN 0167-7012, E-ISSN 1872-8359, Vol. 54, nr 2, s. 183-191Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The phylogenetic affiliation of 91 operational taxonomic units, randomly sampled from three aquatic microcosm experiments, was investigated by two PCR based and one culture dependent method. The occurrence of multiple melting domains and poor coupling between Tin and DGGE retardation was demonstrated to cause poor resolution at the species level in PCR-DGGE analysis of microbial communities. We also showed that the problem of multiple melting domains was particularly prone for brackish water bacterioplankton in the Flavobacterium genus, providing characteristic band morphology for this genus. Banding patterns from DGGE analysis may therefore be misinterpreted in terms of the species richness in natural bacterial communities, when using commonly applied universal primers. (C) 2003 Elsevier Science B.V. All rights reserved.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2003. Vol. 54, nr 2, s. 183-191
Nyckelord [en]
16S rDNA, flavobacteria, melting temperature, multiple melting domains, PCR-DGGE, phylogeny
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-52543DOI: 10.1016/S0167-7012(03)00038-1ISI: 000183590400005OAI: oai:DiVA.org:umu-52543DiVA, id: diva2:506324
Tillgänglig från: 2012-02-28 Skapad: 2012-02-24 Senast uppdaterad: 2018-06-08

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Wikner, Johan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Wikner, Johan
Av organisationen
Institutionen för molekylärbiologi (Teknisk-naturvetenskaplig fakultet)
I samma tidskrift
Journal of Microbiological Methods
Biokemi och molekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 131 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf