umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
The Plant Genome Integrative Explorer Resource: PlantGenIE.org
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: New Phytologist, ISSN 0028-646X, E-ISSN 1469-8137, Vol. 208, nr 4, 1149-1156 s.Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

Accessing and exploring large-scale genomics data sets remains a significant challenge to researchers without specialist bioinformatics training. We present the integrated PlantGenIE.org platform for exploration of Populus, conifer and Arabidopsis genomics data, which includes expression networks and associated visualization tools. Standard features of a model organism database are provided, including genome browsers, gene list annotation, BLAST homology searches and gene information pages. Community annotation updating is supported via integration of WebApollo. We have produced an RNA-sequencing (RNA-Seq) expression atlas for Populus tremula and have integrated these data within the expression tools. An updated version of the COMPLEX resource for performing comparative plant expression analyses of gene coexpression network conservation between species has also been integrated. The PlantGenIE.org platform provides intuitive access to large-scale and genome-wide genomics data from model forest tree species, facilitating both community contributions to annotation improvement and tools supporting use of the included data resources to inform biological insight.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 208, nr 4, 1149-1156 s.
Nyckelord [en]
annotation, coexpression, conifer, database, genome browser, Populus, transcriptomics, web source
Nationell ämneskategori
Botanik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-113426DOI: 10.1111/nph.13557ISI: 000365393000016PubMedID: 26192091OAI: oai:DiVA.org:umu-113426DiVA: diva2:885497
Tillgänglig från: 2015-12-18 Skapad: 2015-12-18 Senast uppdaterad: 2017-12-01Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. Novel resources enabling comparative regulomics in forest tree species
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Novel resources enabling comparative regulomics in forest tree species
2017 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Alternativ titel[sv]
Nya verktyg för komparativ regulomik i skogsträd
Abstract [en]

Lignocellulosic plants are the most abundant source of terrestrial biomass and are one of the potential sources of renewable energy that can replace the use of fossil fuels. For a country such as Sweden, where the forest industry accounts for 10% of the total export, there would be large economical benefits associated with increased biomass yield. The availability of research on wood development conducted in conifer tree species, which represent the majority of the forestry in Sweden, is limited and the majority of research has been conducted in model angiosperm species such as Arabidopsis thaliana. However, the large evolutionary distance between angiosperms and gymnosperms limits the possibility to identify orthologous genes and regulatory pathways by comparing sequence similarity alone. At such large evolutionary distances, the identification of gene similarity is, in most cases, not sufficient and additional information is required for functional annotation. In this thesis, two high-spatial resolution datasets profiling wood development were processed; one from the angiosperm tree Populus tremula and the other from the conifer species Picea abies. These datasets were each published together with a web resource including tools for the exploration of gene expression, co-expression and functional enrichment of gene sets. One developed resource allows interactive, comparative co-expression analysis between species to identify conserved and diverged co-expression modules. These tools make it possible to identifying conserved regulatory modules that can focus downstream research and provide biologists with a resource to identify regulatory genes for targeted trait improvement.

Abstract [sv]

Lignocellulosa är den vanligast förekommande källan till markburen biomassa och är en av de förnybara energikällor som potentiellt kan ersätta användningen av fossila bränslen. För ett land som Sverige, där skogsindustrin som står för 10 \% av den totala exporten, skulle därför en ökad produktion av biomassa kunna ge stora ekonomiska fördelar. Forskningen på barrträd, som utgör majoriteten av svensk skog är begränsad och den huvudsakliga forskningen som har bedrivits på växter, har skett i modell organismer tillhörande gruppen gömfröiga växter som till exempel i Arabidopsis thaliana. Det evolutionära avståndet mellan gömfröiga (blommor och träd) och nakenfröiga (gran och tall) begränsar dock möjligheten att identifiera regulatoriska system mellan dessa grupper. Vid sådana stora evolutionära avstånd krävs det mer än att bara identifiera en gen i en modellorganism utan ytterligare information krävs som till exempel genuttrycksdata. I denna avhandling har två högupplösta experiment som profilerar vedens utveckling undersökts; ett från gömfröiga träd Populus tremula och det andra från nakenföriga träd (barrträd) Picea abies. Datat som behandlats har publicerats tillsammans med webbsidor med flera olika verktyg för att bland annat visa genuttryck, se korrelationer av genuttryck och test för anrikning av funktionella gener i en grupp. En resurs som utvecklats tillåter interaktiva jämförelser av korrelationer mellan arter för att kunna identifiera moduler (grupper av gener) som bevaras eller skilts åt mellan arter över tid. Identifieringen av sådana bevarade moduler kan hjälpa att fokusera framtida forskning samt ge biologer en möjlighet att identifiera regulatoriska gener för en riktad förbättring av egenskaper hos träd.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Umeå: Umeå university, 2017. 47 s.
Nyckelord
Comparative genomics, Web resource, Wood development, RNA-Seq, Forestry, Lignocellulose, Regulomics, High-spatial resolution, Populus tremula, Picea abies, Orthology.
Nationell ämneskategori
Bioinformatik och systembiologi
Forskningsämne
biologi; molekylär bioteknik (inst f nat vet biokemi)
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-133984 (URN)978-91-7601-707-4 (ISBN)
Disputation
2017-05-18, KB3A9, KBC-Huset, Umeå university, Umeå, 13:00 (Engelska)
Opponent
Handledare
Tillgänglig från: 2017-04-27 Skapad: 2017-04-24 Senast uppdaterad: 2017-05-18Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1443 kB)120 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1443 kBChecksumma SHA-512
549474f1de49d0d944b1fdf27c04c6d4c69583e7d9ab3d5ef807461bd3ccc20803e379770888d10d41148e8653be65f08ee9031d6b13bc16de328b760986dd65
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMed

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Sundell, DavidMannapperuma, ChanakaNetotea, SergiuDelhomme, NicolasSjödin, AndreasJansson, StefanHvidsten, Torgeir R.Street, Nathaniel R.
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikKemiska institutionen
I samma tidskrift
New Phytologist
Botanik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 120 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 260 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf