umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Development of a quantitative PCR method to explore the historical occurrence of a nuisance microalga under expansion
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap.
2016 (Engelska)Ingår i: Harmful Algae, ISSN 1568-9883, E-ISSN 1878-1470, Vol. 56, s. 67-76Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Resurstyp
Text
Abstract [en]

A number of marine and freshwater harmful algal bloom (HAB) species have colonized new areas and expanded their habitat range in recent years. Nevertheless it is notoriously difficult to establish when colonization first occurred, what the dispersal routes are, and to separate recent invasion from increases in existent but small populations. The freshwater raphidophyte Gonyostomum semen is a nuisance species that has expanded its habitat range and increased in abundance in northern Europe during the past decades. To evaluate to what extent sediments can be used for determining historic occurrence of G. semen, a quantitative real-time PCR method for detecting cysts of this algae was developed. This paper presents a qPCR protocol with a set of primers that are specific to Gonyostomum and with PCR conditions optimized for sediment samples from humic lakes, which are the common habitat of G. semen. With this sensitive method as few as 1.6 cysts per PCR reaction could be reliably quantified, corresponding to 320 cysts per g wet weight sediment Cysts were present in sediments with ages ranging from years to decades and their persistence allows detection of historic populations up to at least 50 years old. With this qPCR assay it will be possible to trace the presence of G. semen in environments prior to the onset of algae-specific monitoring programs as well as for quantification in water column samples.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2016. Vol. 56, s. 67-76
Nyckelord [en]
Invasion, Colonization, Benthic cysts, Raphidophyceae, qPCR, Gonyostomum semen
Nationell ämneskategori
Oceanografi, hydrologi och vattenresurser Annan biologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-124264DOI: 10.1016/j.hal.2016.04.012ISI: 000379277100007OAI: oai:DiVA.org:umu-124264DiVA, id: diva2:950619
Tillgänglig från: 2016-08-01 Skapad: 2016-07-29 Senast uppdaterad: 2018-06-07Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1550 kB)158 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1550 kBChecksumma SHA-512
7d4f0ddc28ee12a401464fbb64e1c568d3cb49e69f0268b51ed2f5ffb407620e0dbcdb74ba9f3ddf163b3e03067d157389c553473d602151924e63582d241ae6
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltext

Personposter BETA

Klaminder, Jonatan

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Klaminder, Jonatan
Av organisationen
Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap
I samma tidskrift
Harmful Algae
Oceanografi, hydrologi och vattenresurserAnnan biologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 158 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 267 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf