umu.sePublikationer
Ändra sökning
Avgränsa sökresultatet
1 - 7 av 7
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Träffar per sida
  • 5
  • 10
  • 20
  • 50
  • 100
  • 250
Sortering
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
  • Standard (Relevans)
  • Författare A-Ö
  • Författare Ö-A
  • Titel A-Ö
  • Titel Ö-A
  • Publikationstyp A-Ö
  • Publikationstyp Ö-A
  • Äldst först
  • Nyast först
  • Skapad (Äldst först)
  • Skapad (Nyast först)
  • Senast uppdaterad (Äldst först)
  • Senast uppdaterad (Nyast först)
  • Disputationsdatum (tidigaste först)
  • Disputationsdatum (senaste först)
Markera
Maxantalet träffar du kan exportera från sökgränssnittet är 250. Vid större uttag använd dig av utsökningar.
  • 1. Heller, K
    et al.
    Ochtrop, Philipp
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Albers, Michael
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Itzen, A
    Enzymatic phosphocholination as a tool for protein labeling2015Ingår i: The FEBS Journal, ISSN 1742-464X, E-ISSN 1742-4658, Vol. 282, s. 12-12Artikel i tidskrift (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [en]

    Posttranslational modification (PTM) of proteins is a versatile cellular process to regulate the activities of proteins. The high regioselectivity and catalysis rate of posttranslationally modifying enzymes utilizing high-energy precursors can potentially be exploited to equip proteins or peptide sequences with a label of choice site selectively and efficiently. We and others have recently described and analyzed a new reversible PTM called phosphocholination in which a phosphocholine group is transferred from a cytidine diphosphate choline (CDP-choline) to a serine residue of the small GTPase Rab1 [1–3]. The enzymes AnkX and Lem3 catalyze the modification and the corresponding demodification reactions, respectively. Interestingly, we could demonstrate that the modifying enzyme AnkX only requires a short amino acid sequence for substrate recognition. Therefore, we envision AnkX as a tool for the site directed labeling of target proteins. Here we report on the progress of developing a novel reversible protein labeling strategy based on the enzymes AnkX and Lem3 and on derivatives of CDP-choline. We demonstrate the optimization of AnkX and Lem3 enzyme activities and the identification of optimal and minimal peptide target sequences. Results indicate that indeed arbitrary proteins of interest can be functionalized with phosphocholine derivatives. In summary, this work yields first insights into the development of a CDP-choline based fully reversible protein labeling strategy.

  • 2.
    Heller, Katharina
    et al.
    Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universität München, Department Chemistry, Lichtenbergstrasse 4, 85748 Garching, Germany.
    Ochtrop, Philipp
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Albers, Michael F.
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Zauner, Florian B.
    Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universität München, Department Chemistry, Lichtenbergstrasse 4, 85748 Garching, Germany.
    Itzen, Aymelt
    Center for Integrated Protein Science Munich, Technische Universität München, Department Chemistry, Lichtenbergstrasse 4, 85748 Garching, Germany.
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen. Max Planck Institute of Molecular Physiology, Department of Chemical Biology, Dortmund, Germany.
    Covalent Protein Labeling by Enzymatic Phosphocholination2015Ingår i: Angewandte Chemie International Edition, ISSN 1433-7851, E-ISSN 1521-3773, Vol. 54, nr 35, s. 10327-10330Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    We present a new protein labeling method based on the covalent enzymatic phosphocholination of a specific octapeptide amino acid sequence in intact proteins. The bacterial enzyme AnkX from Legionella pneumophila has been established to transfer functional phosphocholine moieties from synthetically produced CDP-choline derivatives to N-termini, C-termini, and internal loop regions in proteins of interest. Furthermore, the covalent modification can be hydrolytically removed by the action of the Legionella enzyme Lem3. Only a short peptide sequence (eight amino acids) is required for efficient protein labeling and a small linker group (PEG-phosphocholine) is introduced to attach the conjugated cargo.

  • 3.
    Ochtrop, Philipp
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Selective protein functionalisation via enzymatic phosphocholination2017Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
    Abstract [sv]

    Proteiner utgör huvudbeståndsdelen av alla biomolekyler i en cell. Dessa är involverade i alla cellulära processer som bestämmer cellens egenskaper. För att förstå de cellulära processerna är det nödvändigt att förstå proteinernas funktion på molekylär nivå. Att studera proteiner i deras naturliga omgivning, det vill säga inuti en cell eller i ett cellextrakt, är en stor utmaning i dagens livsvetenskaper. Eftersom proteiner är kemiskt lika varandra så är det svårt att skilja ett från tusentals andra. Att specifikt märka proteiner för att skilja ut dem från bakgrunden har blivit ett viktigt arbetssätt i modern biokemi och cellbiologi. Avhandlingen beskriver utvecklandet av en ny metod för reversibel och kovalent enzymatisk märkning baserat på fosfokolinering/defosfokolinering av en kort aminosyrasekvens i intakta proteiner. En syntesmetod för att framställa onaturliga CDP-kolinderivat har etablerats vilket tillåter oss att framställa CDP-kolin som bär en funktionalitet, vilket kan vara ett färgämne eller en affinitetstagg. Dessa onaturliga CDP-kolinderivat accepteras som co-substrat av enzymet AnkX från Legionella pneumophila vilket transfererar den funktionaliserade delen av CDP-kolinderivatet till en kort aminosyrasekvens baserad på AnkX’s naturliga substrat vid infektion, det lilla GTPaset Rab1. Under avhandlingsarbetets gång identifierades den kortaste aminosyrasekvensen som känns igen av AnkX, endast de åtta aminosyrorna TITSSYYR är nödvändiga för igenkänning av AnkX. Dessa åtta aminosyror kan genetiskt infogas i början, slutet eller mitt i ett protein för igenkänning och funktionalisering via AnkX och våra syntetiska CDP-kolinderivat. Vid Legionellainfektion i eukaryota celler klyvs fosfokolineringen efter en viss tid, eftersom Legionella pneumophila producerar ett fosfodiesteras, Lem3, som tar bort de fosfokolineringar som AnkX har installerat när de inte längre behövs. Vi har använt Lem3 för att ta bort märkning i sekvensen TITSS(PC)YYR, vilket gör vår strategi helt reversibel. Vi har kunnat demonstrera att AnkX-Lem3 systemet accepterar ett brett spektrum av CDP-kolinderivat, vilket gör metoden till den första av sitt slag, eftersom den är fullt reversibel. Vi har vidare undersökt vilka proteiner AnkX reagerar med inuti celler, vi använde oss av ett CDP-kolinderivat funktionaliserat med biotin, vilket har tillåtit oss att fiska ut alla de proteiner som fosfokolineras av AnkX. Förutom de små GTPaserna i Rab-familjen så identifierade vi även IMPDH2, ett enzym som reglerar det hastighetsbestämmande steget i syntesen av guanosin-nukleotider. Detta är mycket intressant, eftersom det leder till frågan ifall Legionella pneumophila manipulerar sin värdcell genom att förändra mängden GTP i förhållande till ATP.

  • 4.
    Ochtrop, Philipp
    et al.
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Ernst, Stefan
    Itzen, Aymelt
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Exploring the Substrate Scope of the Bacterial Phosphocholine Transferase AnkX for Versatile Protein Functionalization2019Ingår i: ChemBioChem (Print), ISSN 1439-4227, E-ISSN 1439-7633, Vol. 20, nr 18, s. 2336-2340Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    Site-specific protein functionalization has become an indispensable tool in modern life sciences. Here, tag-based enzymatic protein functionalization techniques are among the most versatilely applicable approaches. However, many chemo-enzymatic functionalization strategies suffer from low substrate scopes of the enzymes utilized for functional labeling probes. We report on the wide substrate scope of the bacterial enzyme AnkX towards derivatized CDP-choline analogues and demonstrate that AnkX-catalyzed phosphocholination can be used for site-specific one- and two-step protein labeling with a broad array of different functionalities, displaying fast second-order transfer rates of 5x10(2) to 1.8x10(4) m(-1) s(-1). Furthermore, we also present a strategy for the site-specific dual labeling of proteins of interest, based on the exploitation of AnkX and the delabeling function of the enzyme Lem3. Our results contribute to the wide field of protein functionalization, offering an attractive chemo-enzymatic tag-based modification strategy for in vitro labeling.

  • 5.
    Ochtrop, Philipp
    et al.
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Ernst, Stefan
    Itzen, Aymelt
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Exploring the substrate scope of the phosphocholine transferase AnkX for versatile protein functionalisationManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 6.
    Ochtrop, Philipp
    et al.
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Swart, Leonie
    Simon, Sylvia
    Janning, Petra
    Dickhut, Clarissa
    Zahedi, Rene, P.
    Hilbi, Hubert
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Identification of cellular protein targets for the Legionella pneumophila phosphocholinating effector AnkXManuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
  • 7. Paulsen, Marianne H.
    et al.
    Karlsen, Eskil Andre
    Ausbacher, Dominik
    Anderssen, Trude
    Bayer, Annette
    Ochtrop, Philipp
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Hedberg, Christian
    Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
    Haug, Tor
    Sollid, Johanna U. Ericson
    Strøm, Morten B.
    An amphipathic cyclic tetrapeptide scaffold containing halogenated β2,2-amino acids with activity against multiresistant bacteria2018Ingår i: Journal of Peptide Science, ISSN 1075-2617, E-ISSN 1099-1387, Vol. 24, nr 10, artikel-id UNSP e3117Artikel i tidskrift (Refereegranskat)
    Abstract [en]

    The present study describes the synthesis and biological studies of a small series of head-to-tail cyclic tetrapeptides of the general structure c(Lys‐β2,2‐Xaa‐Lys) containing one lipophilic β2,2-amino acid and Lys, Gly, Ala, or Phe as the Xaa residue in the sequence. The peptides were investigated for antimicrobial activity against gram-positive and gram-negative reference strains and 30 multiresistant clinical isolates including strains with extended spectrum β-lactamase-carbapenemase (ESBL-CARBA) production. Toxicity was determined against human red blood cells. The most potent peptides showed high activity against the gram-positive clinical isolates with minimum inhibitory concentrations of 4-8μg/mL and low haemolytic activity. The combination of high antimicrobial activity and low toxicity shows that these cyclic tetrapeptides containing lipophilic β2,2-amino acids form a valuable scaffold for designing novel antimicrobial agents.

1 - 7 av 7
RefereraExporteraLänk till träfflistan
Permanent länk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf