Umeå University's logo

umu.sePublications
Change search
ExportLink to record
Permanent link

Direct link
BETA

Project

Project type/Form of grant
Project grant
Title [sv]
Integrerad data analys inom metabolomik och system biologi
Title [en]
Global data integration in metabolomics and systems biology
Abstract [sv]
Trä och träfibrer är naturresurser i Sverige av högsta strategiska och ekonomiska betydelse. Just nu pågår ett stort genomsekvenserings projekt av gran vid UPSC. I detta projekt kommer vi vidareutveckla en ny typ av bioinformatiska och kemometriska metoder för att analysera genuttrycks data, proteomik data, metabolomik data och andra fenotypiska profiler från gran, asp och backtrav med multivariat statistisk data analys - allt detta i samarbete med växtbiologer och forskare vid Umeå Plant Science Center. De OPLS och O2PLS metoder som vi utvecklat har både bevisats och validerats ha den kapacitet och kvalitet som krävs för att integrera biologisk information inom områdena genomik, proteomik och metabolomik. Detta projekt syftar till att vidareutveckla O2PLS till en generell lösning, OnPLS, som kan analysera n dataset och som samtidigt bevarar den goda prediktiva förmågan. Vi kommer kontinuerligt under detta projekt att testa, analysera och validera verktygen för dataintegration genom att prediktera funktion och fenotypiska drag i flera studier med norsk gran, poppel och backtrav. Detta inkluderar även nästa generations data sekvensering och kartläggning som pågår just nu.
Principal InvestigatorTrygg, Johan
Coordinating organisation
Umeå University
Funder
Period
2012-01-01 - 2014-12-31
National Category
Bioinformatics and Systems BiologyDevelopmental Biology
Identifiers
DiVA, id: project:1160Project, id: 2011-06044_VR

Search in DiVA

Bioinformatics and Systems BiologyDevelopmental Biology

Search outside of DiVA

GoogleGoogle Scholar