Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Variable Markov dynamics as a multifocal lens to map multiscale complex networks
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysik.ORCID-id: 0000-0001-5420-0591
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysik. Institute of Physics, University of Belgrade, Belgrade, Serbia.ORCID-id: 0000-0003-0124-1909
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysik.ORCID-id: 0000-0001-5859-4073
Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden; Gothenburg Global Biodiversity Centre, Department of Biological and Environmental Sciences, University of Gothenburg, Gothenburg, Sweden; Department of Plant Sciences, University of Oxford, Oxford, United Kingdom; Royal Botanic Gardens, Kew, Richmond, Surrey, United Kingdom.
Visa övriga samt affilieringar
(Engelska)Manuskript (preprint) (Övrigt vetenskapligt)
Nyckelord [en]
network science, community detection, Infomap
Nationell ämneskategori
Datavetenskap (datalogi) Annan fysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-201174OAI: oai:DiVA.org:umu-201174DiVA, id: diva2:1712799
Tillgänglig från: 2022-11-22 Skapad: 2022-11-22 Senast uppdaterad: 2022-11-23
Ingår i avhandling
1. Mapping incomplete relational data: networks in ecology & evolution
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Mapping incomplete relational data: networks in ecology & evolution
2022 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Alternativ titel[sv]
Kartläggning av inkomplett relationell data : nätverk inom ekologi & evolution
Abstract [en]

We live in an interconnected world full of complex systems that cannot be understood simply by analyzing their components. From how genes regulate biological functions to the distribution of life on Earth, we need methods that can analyze systems as a whole.

Networks are abstractions of complex systems, helping capture properties that emerge from patterns of interactions rather than from the individual parts. To understand the patterns of interactions in large networks, we need to simplify them by discovering their modular structure that often characterizes complex systems. A hierarchical modular structure functions as a map that lets us navigate relational data efficiently and helps us see the general patterns. But how reliable is the map if it is based on incomplete data?

This thesis applies and builds upon the map equation, which is an information-theoretic method for detecting modular regularities in the flow patterns on networks. To robustly map incomplete data, we have developed three general approaches: (1) Adaptive resolution in both sampling of and dynamics on networks better fits the data. (2) Regularization avoids overfitting to random patterns. (3) Richer data can be included into the network for a more complete map. Methods that can include evolutionary relationships and handle incomplete data provide more powerful tools for mapping biodiversity in space and time.

Abstract [sv]

Vi lever i en sammankopplad värld full av komplexa system som inte låter sig förstås enbart genom att analysera dess komponenter. Från hur gener reglerar biologiska funktioner till livets utbredning på jorden behöver vi metoder som kan analysera system som en helhet.

Nätverk är abstraktioner av komplexa system som hjälper till att fånga egenskaper som uppstår genom interaktionsmönster snarare än hos de enskilda delarna. För att förstå dessa mönster i stora nätverk måste vi förenkla dem genom att upptäcka dess modulära stuktur som präglar komplexa system. En hierarkisk modulär struktur fungerar som en karta som låter oss navigera effektivt i relationsdata och hjälper oss att se de allmänna mönstren. Men hur tillförlitlig är kartan om den baseras på inkompletta data?

Den här avhandlingen applicerar och bygger vidare på kartekvationen som är en informationsteoretisk metod för att upptäcka modulära regelbundenheter i flödesmönstren på nätverk.För att robust kartlägga inkompletta data har vi utvecklat tre övergripande tillvägagångssätt: (1) Adaptiv upplösning i båda sampling av och dynamik på nätverk ger bättre anpassning till data. (2) Regularisering undviker överanpassning till slumpmässiga mönster. (3) Rikare data kan inkluderas i nätverket för en mer komplett karta. Metoder som kan inkludera evolutionära relationer och hantera inkompletta data ger kraftfullare verktyg för att kartlägga den biologiska mångfalden i rum och tid.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Umeå: Umeå University, 2022. s. 66
Nyckelord
network science, information theory, map equation, community detection, biogeography, evolution
Nationell ämneskategori
Datavetenskap (datalogi) Annan fysik Biologisk systematik
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-201176 (URN)978-91-7855-887-2 (ISBN)978-91-7855-888-9 (ISBN)
Disputation
2022-12-19, NAT.D.410, Naturvetarhuset, Umeå, 09:00 (Engelska)
Opponent
Handledare
Tillgänglig från: 2022-11-28 Skapad: 2022-11-22 Senast uppdaterad: 2022-11-24Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Free full text in ArXiv

Person

Edler, DanielSmiljanić, JelenaHolmgren, AntonRosvall, Martin

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Edler, DanielSmiljanić, JelenaHolmgren, AntonRosvall, Martin
Av organisationen
Institutionen för fysik
Datavetenskap (datalogi)Annan fysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

urn-nbn

Altmetricpoäng

urn-nbn
Totalt: 92 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf