Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Whole genome sequence of the deep-sea sponge Geodia barretti (Metazoa, Porifera, Demospongiae)
Pharmacognosy, Department of Pharmaceutical Biosciences, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Department of Biochemistry and Biophysics, National Bioinformatics Infrastructure Sweden, Science for Life Laboratory, Stockholm University, Solna, Sweden.
Department of Medical Biochemistry and Microbiology, National Bioinformatics Infrastructure Sweden (NBIS), Science for Life Laboratory, Uppsala University, Uppsala, Sweden.
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten).ORCID-id: 0000-0003-1902-3002
Visa övriga samt affilieringar
2023 (Engelska)Ingår i: G3: Genes, Genomes, Genetics, E-ISSN 2160-1836, Vol. 13, nr 10, artikel-id jkad192Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Sponges are among the earliest branching extant animals. As such, genetic data from this group are valuable for understanding the evolution of various traits and processes in other animals. However, like many marine organisms, they are notoriously difficult to sequence, and hence, genomic data are scarce. Here, we present the draft genome assembly for the North Atlantic deep-sea high microbial abundance species Geodia barretti Bowerbank 1858, from a single individual collected on the West Coast of Sweden. The nuclear genome assembly has 4,535 scaffolds, an N50 of 48,447 bp and a total length of 144 Mb; the mitochondrial genome is 17,996 bp long. BUSCO completeness was 71.5%. The genome was annotated using a combination of ab initio and evidence-based methods finding 31,884 protein-coding genes.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Oxford University Press, 2023. Vol. 13, nr 10, artikel-id jkad192
Nyckelord [en]
Geodia barretti, metagenome-assembled genome, Porifera, Sweden, symbionts, Tetractinellida
Nationell ämneskategori
Genetik och genomik Evolutionsbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-215937DOI: 10.1093/g3journal/jkad192ISI: 001058715700001PubMedID: 37619978Scopus ID: 2-s2.0-85174513308OAI: oai:DiVA.org:umu-215937DiVA, id: diva2:1809151
Forskningsfinansiär
EU, Horisont 2020, 679849Knut och Alice Wallenbergs StiftelseTillgänglig från: 2023-11-02 Skapad: 2023-11-02 Senast uppdaterad: 2025-02-01Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(687 kB)103 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 687 kBChecksumma SHA-512
1d4e12439350e15372c09c35003458d9ee0e2c214a2e84d9ebef885f387131f596601b5211b41b230f1ee7a5005f24c4616b6334a3501036ee0a088b086291a2
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Churcher, Allison M

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Churcher, Allison M
Av organisationen
Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)
I samma tidskrift
G3: Genes, Genomes, Genetics
Genetik och genomikEvolutionsbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 103 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 265 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf