Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Identification of putative G-quadruplex DNA structures in S. pombe genome by quantitative PCR stop assay
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik.
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik.
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Kemiska institutionen.
Visa övriga samt affilieringar
2019 (Engelska)Ingår i: DNA Repair, ISSN 1568-7864, E-ISSN 1568-7856, Vol. 82, artikel-id 102678Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

In order to understand in which biological processes the four-stranded G-quadruplex (G4) DNA structures play a role, it is important to determine which predicted regions can actually adopt a G4 structure. Here, to identify DNA regions in Schizosaccharomyces pombe that fold into G4 structures, we first optimized a quantitative PCR (qPCR) assay using the G4 stabilizer, PhenDC3. We call this method the qPCR stop assay, and used it to screen for G4 structures in genomic DNA. The presence of G4 stabilizers inhibited DNA amplification in 14/15 unexplored genomic regions in S. pombe that encompassed predicted G4 structures, suggesting that at these sites the stabilized G4 structure formed an obstacle for the DNA polymerase. Furthermore, the formation of G4 structures was confirmed by complementary in vitro assays. In vivo, the S. pombe G4 unwinder Pif1 helicase, Pfh1, was associated with tested G4 sites, suggesting that the G4 structures also formed in vivo. Thus, we propose that the confirmed G4 structures in S. pombe form an obstacle for replication in vivo, and that the qPCR stop assay is a method that can be used to identify G4 structures. Finally, we suggest that the qPCR stop assay can also be used for identifying G4 structures in other organisms, as well as being adapted to screen for novel G4 stabilizers.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2019. Vol. 82, artikel-id 102678
Nyckelord [en]
G-quadruplex DNA, Schizosaccharomyces pombe, G4 stabilizer PhenDC3, Pif1 family helicase Pfh1, DNA replication, Quantitative PCR
Nationell ämneskategori
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)
Forskningsämne
biokemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-162927DOI: 10.1016/j.dnarep.2019.102678ISI: 000491627000009PubMedID: 31473486Scopus ID: 2-s2.0-85071382717OAI: oai:DiVA.org:umu-162927DiVA, id: diva2:1347795
Forskningsfinansiär
Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, KAW2015-0189Kempestiftelserna, SMK1449 and SMK1632Svenska Sällskapet för Medicinsk Forskning (SSMF)Tillgänglig från: 2019-09-02 Skapad: 2019-09-02 Senast uppdaterad: 2019-11-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(3683 kB)320 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 3683 kBChecksumma SHA-512
d7bb8d4d0d9ab03981463cac524516f387493d5be71fb0f6a3c78e83ceb58229a8b5e7e11c77f013268d658cab345cb3636d03c47d293e71ad92375f6c4f3e43
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Jamroskovic, JanObi, IkennaMovahedi, AnahitaChand, KaramChorell, ErikSabouri, Nasim

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Jamroskovic, JanObi, IkennaMovahedi, AnahitaChand, KaramChorell, ErikSabouri, Nasim
Av organisationen
Institutionen för medicinsk kemi och biofysikKemiska institutionen
I samma tidskrift
DNA Repair
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 320 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 613 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf