Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
raxmlGUI 2.0: A graphical interface and toolkit for phylogenetic analyses using RAxML
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysik.ORCID-id: 0000-0001-5420-0591
2021 (Engelska)Ingår i: Methods in Ecology and Evolution, E-ISSN 2041-210X, Vol. 12, nr 2, s. 373-377Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

raxmlGUI is a graphical user interface to RAxML, one of the most popular and widely used softwares for phylogenetic inference using maximum likelihood. Here we present raxmlGUI 2.0, a complete rewrite of the GUI which seamlessly integrates RAxML binaries for all major operating systems with an intuitive graphical front-end to setup and run phylogenetic analyses. Our program offers automated pipelines for analyses that require multiple successive calls of RAxML, built-in functions to concatenate alignment files while automatically specifying the appropriate partition settings, and one-click model testing to select the best substitution models using ModelTest-NG. In addition to RAxML 8.x, raxmlGUI 2.0 also supports the new RAxML-NG, which provides new functionality and higher performance on large datasets. raxmlGUI 2.0 facilitates phylogenetic analyses by coupling an intuitive interface with the unmatched performance of RAxML.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
John Wiley & Sons, 2021. Vol. 12, nr 2, s. 373-377
Nyckelord [en]
bioinformatics, evolutionary biology, molecular biology, phylogenetics, software
Nationell ämneskategori
Evolutionsbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-176892DOI: 10.1111/2041-210X.13512ISI: 000585911300001Scopus ID: 2-s2.0-85094632583OAI: oai:DiVA.org:umu-176892DiVA, id: diva2:1503154
Forskningsfinansiär
Stiftelsen för strategisk forskning (SSF), FFL15‐0196Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, KAW 2014.0216Vetenskapsrådet, 2016‐00796Tillgänglig från: 2020-11-23 Skapad: 2020-11-23 Senast uppdaterad: 2024-01-17Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(704 kB)365 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 704 kBChecksumma SHA-512
e3917ef6682715dc84d07c689d00977bd5591326394fca4f22730da788a7e996fc562cbb7c1b0a5d0799419131c13ae4c1f9c1bcfcdb213af568ea28f0c325fc
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

Edler, Daniel

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Edler, Daniel
Av organisationen
Institutionen för fysik
I samma tidskrift
Methods in Ecology and Evolution
Evolutionsbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 475 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 521 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf