Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Binding of non-canonical peptidoglycan controls Vibrio cholerae broad spectrum racemase activity
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Umeå Centre for Microbial Research (UCMR). Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten).
Department of Crystallography & Structural Biology, Institute of Physical-Chemistry “Rocasolano”, CSIC, Madrid, Spain.
Department of Crystallography & Structural Biology, Institute of Physical-Chemistry “Rocasolano”, CSIC, Madrid, Spain.
Department of Crystallography & Structural Biology, Institute of Physical-Chemistry “Rocasolano”, CSIC, Madrid, Spain.
Visa övriga samt affilieringar
2021 (Engelska)Ingår i: Computational and Structural Biotechnology Journal, E-ISSN 2001-0370, Vol. 19, s. 1119-1126Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Broad-spectrum amino acid racemases (Bsrs) enable bacteria to generate non-canonical D-amino acids (NCDAAs), whose roles and impact on microbial physiology, including modulation of cell wall structure and dissolution of biofilms, are just beginning to be appreciated. Here we used a diverse array of structural, biochemical and molecular simulation studies to define and characterize how BsrV is post-translationally regulated. We discovered that contrary to Vibrio cholerae alanine racemase AlrV highly compacted active site, BsrV’s is broader and can be occupied by cell wall stem peptides. We found that peptidoglycan peptides modified with NCDAAs are better stabilized by BsrV’s catalytic cavity and show better inhibitory capacity than canonical muropeptides. Notably, BsrV binding and inhibition can be recapitulated by undigested peptidoglycan sacculi as it exists in the cell. Docking simulations of BsrV binding the peptidoglycan polymer generate a model where the peptide stems are perfectly accommodated and stabilized within each of the dimeŕs active sites. Taking these biochemical and structural data together, we propose that inhibition of BsrV by peptidoglycan peptides underlies a negative regulatory mechanism to avoid excessive NCDAA production. Our results collectively open the door to use “à la carte” synthetic peptides as a tool to modulate DAAs production of Bsr enzymes.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Elsevier, 2021. Vol. 19, s. 1119-1126
Nyckelord [en]
BsrV, NCDAA, Negative feedback loop, Peptidoglycan, Vibrio cholera
Nationell ämneskategori
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci) Mikrobiologi inom det medicinska området
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-180769DOI: 10.1016/j.csbj.2021.01.031Scopus ID: 2-s2.0-85100700414OAI: oai:DiVA.org:umu-180769DiVA, id: diva2:1531156
Tillgänglig från: 2021-02-25 Skapad: 2021-02-25 Senast uppdaterad: 2023-03-24Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2641 kB)197 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 2641 kBChecksumma SHA-512
0eae36ffa74a5ddb246307d150eff0fe0e00008f4be400333dbb05c3a9040d66c0f510732706ee9e9b274355b67694c5da886af6d9e0dabeb8919dbc9806bc2c
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

Espaillat, AkbarCava, Felipe

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Espaillat, AkbarCava, Felipe
Av organisationen
Molekylär Infektionsmedicin, Sverige (MIMS)Umeå Centre for Microbial Research (UCMR)Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)
I samma tidskrift
Computational and Structural Biotechnology Journal
Medicinsk bioteknologi (med inriktning mot cellbiologi (inklusive stamcellsbiologi), molekylärbiologi, mikrobiologi, biokemi eller biofarmaci)Mikrobiologi inom det medicinska området

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 197 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 203 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf