Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Small-scale sequencing enables quality assessment of Ribo-Seq data: an example from Arabidopsis cell culture
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Umeå Plant Science Centre, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden.ORCID-id: 0000-0002-3053-0796
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0002-5605-7984
2021 (Engelska)Ingår i: Plant Methods, E-ISSN 1746-4811, Vol. 17, nr 1, artikel-id 92Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Background: Translation is a tightly regulated process, controlling the rate of protein synthesis in cells. Ribosome sequencing (Ribo-Seq) is a recently developed tool for studying actively translated mRNA and can thus directly address translational regulation. Ribo-Seq libraries need to be sequenced to a great depth due to high contamination by rRNA and other contaminating nucleic acid fragments. Deep sequencing is expensive, and it generates large volumes of data, making data analysis complicated and time consuming.

Methods and results: Here we developed a platform for Ribo-Seq library construction and data analysis to enable rapid quality assessment of Ribo-Seq libraries with the help of a small-scale sequencer. Our data show that several qualitative features of a Ribo-Seq library, such as read length distribution, P-site distribution, reading frame and triplet periodicity, can be effectively evaluated using only the data generated by a benchtop sequencer with a very limited number of reads.

Conclusion: Our pipeline enables rapid evaluation of Ribo-Seq libraries, opening up possibilities for optimization of Ribo-Seq library construction from difficult samples, and leading to better decision making prior to more costly deep sequencing.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
BioMed Central (BMC), 2021. Vol. 17, nr 1, artikel-id 92
Nyckelord [en]
Evaluation of sequencing library quality, Ribo-Seq, Ribosomal profiling, Translation, Translational profiling
Nationell ämneskategori
Biokemi och molekylärbiologi Bioinformatik och systembiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-187086DOI: 10.1186/s13007-021-00791-wISI: 000687996100001Scopus ID: 2-s2.0-85113340124OAI: oai:DiVA.org:umu-187086DiVA, id: diva2:1590708
Forskningsfinansiär
Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, KAW 2016-0341Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, KAW 2016-0352Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, KAW 2016-0025Vinnova, 2016-00504Tillgänglig från: 2021-09-03 Skapad: 2021-09-03 Senast uppdaterad: 2024-01-11Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(1760 kB)100 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 1760 kBChecksumma SHA-512
0e67079dd0f7868f9f1258790a9f107b96364a3ac34933b683600dd9184817ca892ff898b799e2dfff39f5e2757b43de509d14293725ae58baf4a623f00cfc3f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

Mahboubi, AmirDelhomme, NicolasHanson, Johannes

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Mahboubi, AmirDelhomme, NicolasHäggström, SaraHanson, Johannes
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikUmeå Plant Science Centre (UPSC)
I samma tidskrift
Plant Methods
Biokemi och molekylärbiologiBioinformatik och systembiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 100 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 363 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf