Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Exploring the dynamics of holo-shikimate kinase through molecular mechanics
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Högpresterande beräkningscentrum norr (HPC2N).
2023 (Engelska)Ingår i: Biophysica, ISSN 2673-4125, Vol. 3, nr 3, s. 463-475Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Understanding the connection between local and global dynamics can provide valuable insights into enzymatic function and may contribute to the development of novel strategies for enzyme modulation. In this work, we investigated the dynamics at both the global and local (active site) levels of Shikimate Kinase (SK) through microsecond time-scale molecular dynamics (MD) simulations of the holoenzyme in the product state. Our focus was on the wild-type (WT) enzyme and two mutants (R116A and R116K) which are known for their reduced catalytic activity. Through exploring the dynamics of these variants, we gained insights into the role of residue R116 and its contribution to overall SK dynamics. We argue that the connection between local and global dynamics can be attributed to local frustration near the mutated residue which perturbs the global protein dynamics.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
MDPI, 2023. Vol. 3, nr 3, s. 463-475
Nyckelord [en]
shikimate kinase, mutants, molecular, dynamics, binding, frustration
Nationell ämneskategori
Biofysik
Forskningsämne
biokemi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-212302DOI: 10.3390/biophysica3030030ISI: 001274265200001Scopus ID: 2-s2.0-85176214833OAI: oai:DiVA.org:umu-212302DiVA, id: diva2:1783566
Tillgänglig från: 2023-07-21 Skapad: 2023-07-21 Senast uppdaterad: 2025-04-24Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(3267 kB)161 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 3267 kBChecksumma SHA-512
4363a7b9fbe0c0861bc28ef4c66715afcb2b073b89cf7a3f2cacf1fd1e9727b9793bbc9d1c05c0451ffcf2d52554bebbe395c6a033a6e987946cd97f8697cf46
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextScopus

Person

Ojeda-May, Pedro

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Ojeda-May, Pedro
Av organisationen
Högpresterande beräkningscentrum norr (HPC2N)
Biofysik

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 163 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
urn-nbn
Totalt: 404 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf