Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Quantification of all 12 canonical ribonucleotides by real-time fluorogenic in vitro transcription
Folkhälsan Research Center, Helsinki 00290, Finland; Stem Cells and Metabolism Research Program, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki 00014, Finland.ORCID-id: 0000-0002-0635-4075
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för medicinsk kemi och biofysik.ORCID-id: 0000-0003-2890-2957
Folkhälsan Research Center, Helsinki 00290, Finland; Stem Cells and Metabolism Research Program, Faculty of Medicine, University of Helsinki, Helsinki 00014, Finland.ORCID-id: 0000-0003-3773-7025
2024 (Engelska)Ingår i: Nucleic Acids Research, ISSN 0305-1048, E-ISSN 1362-4962, Vol. 52, nr 1, artikel-id e6Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Enzymatic methods to quantify deoxyribonucleoside triphosphates have existed for decades. In contrast, no general enzymatic method to quantify ribonucleoside triphosphates (rNTPs), which drive almost all cellular processes and serve as precursors of RNA, exists to date. ATP can be measured with an enzymatic luminometric method employing firefly luciferase, but the quantification of other ribonucleoside mono-, di-, and triphosphates is still a challenge for a non-specialized laboratory and practically impossible without chromatography equipment. To allow feasible quantification of ribonucleoside phosphates in any laboratory with typical molecular biology and biochemistry tools, we developed a robust microplate assay based on real-time detection of the Broccoli RNA aptamer during in vitro transcription. The assay employs the bacteriophage T7 and SP6 RNA polymerases, two oligonucleotide templates encoding the 49-nucleotide Broccoli aptamer, and a high-affinity fluorogenic aptamer-binding dye to quantify each of the four canonical rNTPs. The inclusion of nucleoside mono- and diphosphate kinases in the assay reactions enabled the quantification of the mono- and diphosphate counterparts. The assay is inherently specific and tolerates concentrated tissue and cell extracts. In summary, we describe the first chromatography-free method to quantify ATP, ADP, AMP, GTP, GDP, GMP, UTP, UDP, UMP, CTP, CDP and CMP in biological samples. 

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Oxford University Press, 2024. Vol. 52, nr 1, artikel-id e6
Nationell ämneskategori
Biokemi Molekylärbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-218932DOI: 10.1093/nar/gkad1091ISI: 001108541200001PubMedID: 38008466Scopus ID: 2-s2.0-85182894331OAI: oai:DiVA.org:umu-218932DiVA, id: diva2:1823834
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetTillgänglig från: 2024-01-03 Skapad: 2024-01-03 Senast uppdaterad: 2025-02-20Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(3353 kB)67 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 3353 kBChecksumma SHA-512
ab00c1d223edfbd67b4d2c1cd628daa5943d8144a69252a26c8638c049185ab81ed3ce6db1d814dd41670ee04ab26fd8b37f63eb6b3981db88cdf435b96d7a0f
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Hofer, Anders

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Purhonen, JanneHofer, AndersKallijärvi, Jukka
Av organisationen
Institutionen för medicinsk kemi och biofysik
I samma tidskrift
Nucleic Acids Research
BiokemiMolekylärbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 85 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 308 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf