Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
A comprehensive dataset on spatiotemporal variation of microbial plankton communities in the Baltic Sea
KTH Royal Institute of Technology, Department of Gene Technology, Science for Life Laboratory, Stockholm, Sweden; University of Copenhagen, Department of Plant and Environmental Sciences, Frederiksberg C, Denmark.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå marina forskningscentrum (UMF). (EcoChange; UMFpub)ORCID-id: 0000-0001-7819-9038
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskap. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå marina forskningscentrum (UMF).ORCID-id: 0000-0002-1298-3839
Swedish Meteorological and Hydrological Institute, Community Planning Services - Oceanography, Västra Frölunda, Sweden.
Visa övriga samt affilieringar
2024 (Engelska)Ingår i: Scientific Data, E-ISSN 2052-4463, Vol. 11, nr 1, artikel-id 18Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The Baltic Sea is one of the largest brackish water environments on earth and is characterised by pronounced physicochemical gradients and seasonal dynamics. Although the Baltic Sea has a long history of microscopy-based plankton monitoring, DNA-based metabarcoding has so far mainly been limited to individual transect cruises or time-series of single stations. Here we report a dataset covering spatiotemporal variation in prokaryotic and eukaryotic microbial communities and physicochemical parameters. Within 13-months between January 2019 and February 2020, 341 water samples were collected at 22 stations during monthly cruises along the salinity gradient. Both salinity and seasonality are strongly reflected in the data. Since the dataset was generated with both metabarcoding and microscopy-based methods, it provides unique opportunities for both technical and ecological analyses, and is a valuable biodiversity reference for future studies, in the prospect of climate change.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer Nature, 2024. Vol. 11, nr 1, artikel-id 18
Nationell ämneskategori
Oceanografi, hydrologi och vattenresurser Ekologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-219321DOI: 10.1038/s41597-023-02825-5PubMedID: 38168085Scopus ID: 2-s2.0-85181259194OAI: oai:DiVA.org:umu-219321DiVA, id: diva2:1827286
Anmärkning

The raw sequencing data generated in this study are available at the European Nucleotide Archive (ENA) under the study accession number https://identifiers.org/ena.embl:PRJEB55296 (2023).

Processed sequencing data (ASV sequences with taxonomic annotations and counts in samples) are available at our figshare repository (https://doi.org/10.17044/scilifelab.20751373), along with the contextual, physicochemical, and microscopy data, and sequences of synthetic spike-ins. 

Tillgänglig från: 2024-01-12 Skapad: 2024-01-12 Senast uppdaterad: 2024-01-15Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(3729 kB)30 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT01.pdfFilstorlek 3729 kBChecksumma SHA-512
24863009b071fc11410779b642c75752309245c832474694398ad0c72d980ef9af46e3247537e85ed25d1d8c223922f64f2672e78133ec07daa9598adf3615c1
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Andersson, AgnetaBrugel, Sonia

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Andersson, AgnetaBrugel, Sonia
Av organisationen
Institutionen för ekologi, miljö och geovetenskapUmeå marina forskningscentrum (UMF)
I samma tidskrift
Scientific Data
Oceanografi, hydrologi och vattenresurserEkologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 30 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 268 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf