Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Systems genetic analysis of lignin biosynthesis in Populus tremula
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0002-8962-3778
Department of Forest Genetics and Plant Physiology, Umeå Plant Science Centre, Swedish University of Agricultural Sciences, Umeå, Sweden.
Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Institutionen för fysiologisk botanik. Umeå universitet, Teknisk-naturvetenskapliga fakulteten, Umeå Plant Science Centre (UPSC).ORCID-id: 0000-0002-5699-0010
Visa övriga samt affilieringar
2024 (Engelska)Ingår i: New Phytologist, ISSN 0028-646X, E-ISSN 1469-8137, Vol. 243, nr 6, s. 2157-2174Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]
  • The genetic control underlying natural variation in lignin content and composition in trees is not fully understood. We performed a systems genetic analysis to uncover the genetic regulation of lignin biosynthesis in a natural ‘SwAsp’ population of aspen (Populus tremula) trees.
  • We analyzed gene expression by RNA sequencing (RNA-seq) in differentiating xylem tissues, and lignin content and composition using Pyrolysis-GC-MS in mature wood of 268 trees from 99 genotypes.
  • Abundant variation was observed for lignin content and composition, and genome-wide association study identified proteins in the pentose phosphate pathway and arabinogalactan protein glycosylation among the top-ranked genes that are associated with these traits. Variation in gene expression and the associated genetic polymorphism was revealed through the identification of 312 705 local and 292 003 distant expression quantitative trait loci (eQTL). A co-expression network analysis suggested modularization of lignin biosynthesis and novel functions for the lignin-biosynthetic CINNAMYL ALCOHOL DEHYDROGENASE 2 and CAFFEOYL-CoA O-METHYLTRANSFERASE 3. PHENYLALANINE AMMONIA LYASE 3 was co-expressed with HOMEOBOX PROTEIN 5 (HB5), and the role of HB5 in stimulating lignification was demonstrated in transgenic trees.
  • The systems genetic approach allowed linking natural variation in lignin biosynthesis to trees´ responses to external cues such as mechanical stimulus and nutrient availability.
Ort, förlag, år, upplaga, sidor
John Wiley & Sons, 2024. Vol. 243, nr 6, s. 2157-2174
Nyckelord [en]
aspen, eQTL, GWAS, HD-Zip III, lignin biosynthesis, Populus, wood formation
Nationell ämneskategori
Botanik Växtbioteknologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-228277DOI: 10.1111/nph.19993ISI: 001279841300001PubMedID: 39072753Scopus ID: 2-s2.0-85199967737OAI: oai:DiVA.org:umu-228277DiVA, id: diva2:1888037
Forskningsfinansiär
Forskningsrådet Formas, 2018-01611Forskningsrådet Formas, 2018-01381Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, 2016.0341Knut och Alice Wallenbergs Stiftelse, 2016.0352Vinnova, 2016-00504Bio4EnergyTillgänglig från: 2024-08-12 Skapad: 2024-08-12 Senast uppdaterad: 2024-10-29Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(2514 kB)24 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 2514 kBChecksumma SHA-512
12fe86b4c1b4fdd073c88411a8cd2e7c3c000c7f79bab978db4c68c60b7f9ccad2f8ec93534eeaede3f9b6fee8572dd1784de704b3edd0c5de0a78ca2443b70a
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Luomaranta, MikkoGrones, CarolinMilhinhos, AnaAhlgren Kalman, TeiturRobinson, Kathryn M.Street, Nathaniel

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Luomaranta, MikkoGrones, CarolinMilhinhos, AnaAhlgren Kalman, TeiturRobinson, Kathryn M.Street, Nathaniel
Av organisationen
Institutionen för fysiologisk botanikUmeå Plant Science Centre (UPSC)
I samma tidskrift
New Phytologist
BotanikVäxtbioteknologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 49 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 200 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • modern-language-association-8th-edition
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf