Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
Bioinformatic tools for non-bioinformaticians: a roadmap to study unknown microprotein sequences
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten).
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten).
2026 (Engelska)Ingår i: Methods in Molecular Biology, ISSN 1064-3745, E-ISSN 1940-6029, Vol. 2992, s. 171-180Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

The identification of unknown microprotein sequences is often presented as a FASTA file with hundreds or thousands of unknown RNA or protein sequences. Then, the researcher needs to gain an overall view of all the sequences and identify which ones may be relevant to address their biological question of interest. In the absence of a bioinformatician or certain computational knowledge, this task becomes increasingly challenging proportionally to the number of sequences identified. In this chapter, we provide a guideline of different publicly available online resources that can be used without any computational background to analyze your sequences' structural and physicochemical properties and identify functional domains and motifs. Moreover, we have developed MicrOracle, a publicly available Shiny app that will integrate the different output files from the online prediction tools and generate interactive plots that can contribute to easily visualizing, understanding, and segmenting your data based on structural and functional criteria.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Springer Nature, 2026. Vol. 2992, s. 171-180
Nyckelord [en]
Disordered proteins, Domain, Microproteins, Motif, Protein bioinformatics, Shiny app
Nationell ämneskategori
Bioinformatik (beräkningsbiologi) Bioinformatik och beräkningsbiologi
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-246764DOI: 10.1007/978-1-0716-5013-4_12PubMedID: 41241906Scopus ID: 2-s2.0-105021973167OAI: oai:DiVA.org:umu-246764DiVA, id: diva2:2017280
Forskningsfinansiär
VetenskapsrådetTillgänglig från: 2025-11-28 Skapad: 2025-11-28 Senast uppdaterad: 2025-11-28Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

Fulltext saknas i DiVA

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Gimeno Le Paih, PatriciaAramburu, Iker Valle

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Gimeno Le Paih, PatriciaAramburu, Iker Valle
Av organisationen
Institutionen för molekylärbiologi (Medicinska fakulteten)
I samma tidskrift
Methods in Molecular Biology
Bioinformatik (beräkningsbiologi)Bioinformatik och beräkningsbiologi

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 112 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf