Umeå universitets logga

umu.sePublikationer
Ändra sökning
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf
PETSTEP: generation of synthetic PET lesions for fast evaluation of segmentation methods
Wales Research and Diagnostic PET Imaging Centre, Cardiff University, Cardiff, UK.
Umeå universitet, Medicinska fakulteten, Institutionen för strålningsvetenskaper, Radiofysik.
Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, USA.
Department of Medical Physics, Memorial Sloan Kettering Cancer Center, New York, USA.
Visa övriga samt affilieringar
2015 (Engelska)Ingår i: Physica medica (Testo stampato), ISSN 1120-1797, E-ISSN 1724-191X, Vol. 31, nr 8, s. 969-980Artikel i tidskrift (Refereegranskat) Published
Abstract [en]

Purpose: This work describes PETSTEP (PET Simulator of Tracers via Emission Projection): a faster and more accessible alternative to Monte Carlo (MC) simulation generating realistic PET images, for studies assessing image features and segmentation techniques.

Methods: PETSTEP was implemented within Matlab as open source software. It allows generating threedimensional PET images from PET/CT data or synthetic CT and PET maps, with user-drawn lesions and user-set acquisition and reconstruction parameters. PETSTEP was used to reproduce images of the NEMA body phantom acquired on a GE Discovery 690 PET/CT scanner, and simulated with MC for the GE Discovery LS scanner, and to generate realistic Head and Neck scans. Finally the sensitivity (S) and Positive Predictive Value (PPV) of three automatic segmentation methods were compared when applied to the scanner-acquired and PETSTEP-simulated NEMA images.

Results: PETSTEP produced 3D phantom and clinical images within 4 and 6 min respectively on a single core 2.7 GHz computer. PETSTEP images of the NEMA phantom had mean intensities within 2% of the scanner-acquired image for both background and largest insert, and 16% larger background Full Width at Half Maximum. Similar results were obtained when comparing PETSTEP images to MC simulated data. The S and PPV obtained with simulated phantom images were statistically significantly lower than for the original images, but led to the same conclusions with respect to the evaluated segmentation methods.

Conclusions: PETSTEP allows fast simulation of synthetic images reproducing scanner-acquired PET data and shows great promise for the evaluation of PET segmentation methods.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
2015. Vol. 31, nr 8, s. 969-980
Nyckelord [en]
Positron emission tomography, Digital phantoms, Simulation, Image segmentation, Synthetic lesions
Nationell ämneskategori
Annan fysik Cancer och onkologi Radiologi och bildbehandling
Forskningsämne
radiofysik
Identifikatorer
URN: urn:nbn:se:umu:diva-95493DOI: 10.1016/j.ejmp.2015.07.139ISI: 000366660400017PubMedID: 26321409Scopus ID: 2-s2.0-84959516005OAI: oai:DiVA.org:umu-95493DiVA, id: diva2:759553
Forskningsfinansiär
Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), 2014/1-260Tillgänglig från: 2014-10-30 Skapad: 2014-10-30 Senast uppdaterad: 2023-03-23Bibliografiskt granskad
Ingår i avhandling
1. Quantitative methods for tumor imaging with dynamic PET
Öppna denna publikation i ny flik eller fönster >>Quantitative methods for tumor imaging with dynamic PET
2014 (Engelska)Doktorsavhandling, sammanläggning (Övrigt vetenskapligt)
Alternativ titel[sv]
Kvantitativa metoder för tumöravbildning med dynamisk PET
Abstract [en]

There is always a need and drive to improve modern cancer care. Dynamic positron emission tomography (PET) offers the advantage of in vivo functional imaging, combined with the ability to follow the physiological processes over time. In addition, by applying tracer kinetic modeling to the dynamic PET data, thus estimating pharmacokinetic parameters associated to e.g. glucose metabolism, cell proliferation etc., more information about the tissue's underlying biology and physiology can be determined. This supplementary information can potentially be a considerable aid when it comes to the segmentation, diagnosis, staging, treatment planning, early treatment response monitoring and follow-up of cancerous tumors.

We have found it feasible to use kinetic parameters for semi-automatic tumor segmentation, and found parametric images to have higher contrast compared to static PET uptake images. There are however many possible sources of errors and uncertainties in kinetic parameters obtained through compartment modeling of dynamic PET data. The variation in the number of detected photons caused by the random nature of radioactive decay, is of course always a major source. Other sources may include: the choice of an appropriate model that is suitable for the radiotracer in question, camera detectors and electronics, image acquisition protocol, image reconstruction algorithm with corrections (attenuation, random and scattered coincidences, detector uniformity, decay) and so on. We have found the early frame sampling scheme in dynamic PET to affect the bias and uncertainty in calculated kinetic parameters, and that scatter corrections are necessary for most but not all parameter estimates. Furthermore, analytical image reconstruction algorithms seem more suited for compartment modeling applications compared to iterative algorithms.

This thesis and included papers show potential applications and tools for quantitative pharmacokinetic parameters in oncology, and help understand errors and uncertainties associated with them. The aim is to contribute to the long-term goal of enabling the use of dynamic PET and pharmacokinetic parameters for improvements of today's cancer care.

Abstract [sv]

Det finns alltid ett behov och en strävan att förbättra dagens cancervård. Dynamisk positronemissionstomografi (PET) medför fördelen av in vivo funktionell avbilning, kombinerad med möjligheten att följa fysiologiska processer över tiden. Genom att därtill tillämpa kinetisk modellering på det dynamiska PET-datat, och därigenom skatta farmakokinetiska parametrar associerade till glukosmetabolism, cellproliferation etc., kan ytterligare information om vävnadens underliggande biologi och fysiologi bestämmas. Denna kompletterande information kan potentiellt vara till stor nytta för segmentering, diagnos, stadieindelning, behandlingsplanering, monitorering av tidig behandlingsrespons samt uppföljning av cancertumörer.

Vi fann det möjligt att använda kinetiska parametrar för semi-automatisk tumörsegmentering, och fann även att parametriska bilder hade högre kontrast jämfört med upptagsbilder från statisk PET. Det finns dock många möjliga källor till osäkerheter och fel i kinetiska parametrar som beräknats genom compartment-modellering av dynamisk PET. En av de största källorna är det radioaktiva sönderfallets slumpmässiga natur som orsakar variationer i antalet detekterade fotoner. Andra källor inkluderar valet av compartment-modell som är lämplig för den aktuella radiotracern, PET-kamerans detektorer och elektronik, bildtagningsprotokoll, bildrekonstruktionsalgoritm med tillhörande korrektioner (attenuering, slumpmässig och spridd strålning, detektorernas likformighet, sönderfall) och så vidare. Vi fann att tidssamplingsschemat för tidiga bilder i dynamisk PET påverkar både fel och osäkerhet i beräknade kinetiska parametrar, och att bildkorrektioner för spridd strålning är nödvändigt för de flesta men inte alla parametrar. Utöver detta verkar analytiska bildrekonstruktionsalgoritmer vara bättre lämpade för tillämpningar som innefattar compartment-modellering i jämförelse med iterativa algoritmer.

Denna avhandling med inkluderade artiklar visar möjliga tillämpningar och verktyg för kvantitativa kinetiska parametrar inom onkologiområdet. Den bidrar också till förståelsen av fel och osäkerheter associerade till dem. Syftet är att bidra till det långsiktiga målet att möjliggöra användandet av dynamisk PET och farmakokinetiska parametrar för att förbättra dagens cancervård.

Ort, förlag, år, upplaga, sidor
Umeå: Umeå Universitet, 2014. s. 94
Serie
Umeå University medical dissertations, ISSN 0346-6612 ; 1683
Nyckelord
Dynamic positron emission tomography, PET, tumor imaging, compartment modeling, Monte Carlo
Nationell ämneskategori
Medicinsk bildvetenskap Annan fysik
Forskningsämne
radiofysik
Identifikatorer
urn:nbn:se:umu:diva-95126 (URN)978-91-7601-160-7 (ISBN)
Disputation
2014-12-12, Hörsal Betula, Norrlands Universitetssjukhus, Umeå, 09:00 (Svenska)
Opponent
Handledare
Forskningsfinansiär
Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), HPC2N-2009-001Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), 2013/1-234Swedish National Infrastructure for Computing (SNIC), 2014/1-260
Tillgänglig från: 2014-11-21 Skapad: 2014-10-22 Senast uppdaterad: 2025-02-09Bibliografiskt granskad

Open Access i DiVA

fulltext(6312 kB)739 nedladdningar
Filinformation
Filnamn FULLTEXT02.pdfFilstorlek 6312 kBChecksumma SHA-512
9a1425347ff5c87fbd7e99dd0d242fb529bbfb62125410100f56a4db53a0440422e41b0aa42d27cf7514328040e3b100596d039ffd36c1824efb258b668a46f6
Typ fulltextMimetyp application/pdf

Övriga länkar

Förlagets fulltextPubMedScopus

Person

Häggström, IdaLarsson, Anne

Sök vidare i DiVA

Av författaren/redaktören
Häggström, IdaLarsson, Anne
Av organisationen
Radiofysik
I samma tidskrift
Physica medica (Testo stampato)
Annan fysikCancer och onkologiRadiologi och bildbehandling

Sök vidare utanför DiVA

GoogleGoogle Scholar
Totalt: 741 nedladdningar
Antalet nedladdningar är summan av nedladdningar för alla fulltexter. Det kan inkludera t.ex tidigare versioner som nu inte längre är tillgängliga.

doi
pubmed
urn-nbn

Altmetricpoäng

doi
pubmed
urn-nbn
Totalt: 1398 träffar
RefereraExporteraLänk till posten
Permanent länk

Direktlänk
Referera
Referensformat
  • apa
  • ieee
  • vancouver
  • Annat format
Fler format
Språk
  • de-DE
  • en-GB
  • en-US
  • fi-FI
  • nn-NO
  • nn-NB
  • sv-SE
  • Annat språk
Fler språk
Utmatningsformat
  • html
  • text
  • asciidoc
  • rtf